يسلك المستوطنون خلال اقتحامهم المسجد الأقصى مسارات منها، المسار المعتاد الذي سلكه المقتحمون على مدار السنوات السابقة، ويبدأ من باب المغاربة غربا، مرورا من أمام المصلى القبلي جنوبا نحو المنطقة الشرقية، ومن ثم إلى الطريق الشمالي، ومنه بمحاذاة السور الغربي ليخرجوا من باب السلسلة.

وما يميز المسار المعتاد هو دخول طرق فرعية، مثل طريق المشارب الشمالية قرب صحن قبة الصخرة، والوقوف طويلا عند سبيل قايتباي والبائكة الغربية.

وبالنسبة لمسارات الهروب، فيسلكها المقتحمون في حالة نفير المصلين المسلمين، وتمتاز بتقليل الوقوف وسرعة المشي، وإلغاء المحاضرات الميدانية أو الصلوات الطويلة.

وتقسم مسارات الهروب إلى:

هروب درجة أولى: من باب السلسلة إلى باب المغاربة مباشرة، بمحاذاة الرواق الغربي فقط، (راج عام 2014 و 2015, وتكرر في بعض الحالات العام الحالي).

هروب درجة ثانية: يشبه المسار المعتاد لكنه سريع متوجس، لا يقترب من أمام المصلى القبلي ولا يتخذ أي طريق فرعي، باستثناء التوقف قليلا في المنطقة الشرقية، (راج في رمضان الماضي).